Misją Muzeum jest dbanie o powierzone dziedzictwo kulturowe - gromadzenie, konserwacja, przechowywanie, udostępnianie i upowszechnianie dóbr kultury związanych z Pilznem i Ziemią Pilzneńską, w zakresie sztuki, etnografii, archeologii, historii. Ponadto prowadzenie badań naukowych i działalności edukacyjnej odnośnie wymienionych dyscyplin. Działania muzeum winny prowadzić do uzmysławiania roli przeszłości i pamięci we współczesnym społeczeństwie. Celem działań muzealnych jest również udział w rozwoju cywilizacyjnym i kulturalnym społeczeństwa Gminy Pilzno, poprzez wzmacnianie i kształtowanie świadomości oraz tożsamości regionalnej, a także wprowadzanie zasobów kulturowych gromadzonych w muzeum do wymiany kulturalnej w Polsce, Europie i świecie. Muzeum pragnie uczestniczyć w budowaniu postaw aktywności na rzecz wymiany kulturalnej w duchu poszanowania różnorodnych systemów wartości, wyznania i narodowości obecnych w historii i życiu współczesnym.